Przygotowanie i przechowywanie próbek

• Przygotowywanie i rozlewanie pożywek mikrobiologicznych
• Sterylizacja pożywek mikrobiologicznych, szkła i drobnego sprzętu laboratoryjnego
• Homogenizacja próbek środowiskowych
• Przygotowywanie płynów inokulacyjnych i rozcieńczalników stosowanych w analizach mikrobiologicznych
• Przygotowanie preparatów mikroskopowych i ich automatyczne barwienie metodą Grama
• Przygotowanie i prowadzenie hodowli grzybów w mikrokulturach
• Przechowywanie szczepów bakterii i grzybów w mikrobankach, w zamrażarce niskotemperaturowej (do -85°C)

Analizy z wykorzystaniem metod biologii molekularnej

• Dobór metody i optymalizacja izolacji DNA z próbek środowiskowych, grzybni oraz komórek bakterii i drożdży
• Identyfikacja bakterii na podstawie analizy sekwencjonowania 16S rRNA
• Identyfikacja grzybów na podstawie sekwencjonowania fragmentu D2 zlokalizowanego w obrębie genu kodującego dużą podjednostkę rybosomu (LSU)
• Analiza profilu genetycznego mikroorganizmów na podstawie analizy polimorfizmu długości amplifikowanych fragmentów (AFLP)
• Badanie zróżnicowania genetycznego zbiorowisk mikroorganizmów z wykorzystaniem metody łańcuchowej reakcji polimerazy i elektroforezy w gradiencie żelu denaturującego (PCR-DGGE) oraz analizy polimorfizmu terminalnych fragmentów restrykcyjnych (t-RFLP)
• Detekcja mikroorganizmów, w szczególności grzybów termoopornych, z wykorzystaniem metod molekularnych (PCR, qPCR, LAMP)
• Detekcja i analiza ekspresji genów kodujących enzymy zaangażowane w szlaki degradacji celulozy (PCR, qPCR, qRT-PCR)

Analizy z wykorzystaniem systemu BIOLOG

• Identyfikacja i charakterystyka profilu metabolicznego grzybów (płytki FF)
• Identyfikacja i charakterystyka profilu metabolicznego bakterii  (płytki GEN III)
• Identyfikacja i charakterystyka profilu metabolicznego drożdży (płytki YT)
• Identyfikacja i charakterystyka profilu metabolicznego mikroorganizmów beztlenowych (płytki AN)
• Ocena różnorodności funkcjonalnej mikroorganizmów glebowych na podstawie charakterystyki profilu metabolicznego gleby (płytki ECO)
• Badania mikroorganizmów z wykorzystaniem mikromacierzy fenotypowych (płytki PM)
• Ocena wrażliwości mikroorganizmów na związki chemiczne, wyciągi roślinne i biofungicydy (płytki MT2)
• Ocena degradacji różnych związków, odpadów i produktów przez mikroorganizmy (płytki MT2)

Klasyczne analizy mikrobiologiczne

• Określanie ogólnej liczebności bakterii i grzybów w próbkach środowiskowych
• Określanie liczebności oraz izolacja grzybów termoopornych z próbek środowiskowych
• Ocena ilościowa i jakościowa mikroorganizmów proteolitycznych, pektynolitycznych, celulolitycznych, amylolitycznych, lipolitycznych, amonifikacyjnych i nitryfikacyjnych w próbkach środowiskowych
• Identyfikacja rodzajowa grzybów na podstawie obserwacji makro- i mikroskopowych
• Określanie aktywności respiracyjnej gleby
• Ocena wrażliwości grzybów na fungicydy
• Badanie czystości mikrobiologicznej powietrza metodą zderzeniową
• Badanie czystości mikrobiologicznej wody metodą filtracji membranowej

Klasyczne analizy biochemiczne

• Oznaczanie aktywności enzymatycznej szczepów bakterii i grzybów (celulaz, pektynoesterazy, poligalakturonazy, proteazy, lipazy)
• Badanie aktywności enzymatycznej gleby z wykorzystaniem metod spektrofotometrycznych (dehydrogenaz, proteazy, ureazy, fosfatazy kwaśnej i zasadowej, β-glukozydazy)
• Badanie nasilenia procesu amonifikacji i nitryfikacji w środowisku glebowym
• Badanie aktywności enzymatycznej gleby z wykorzystaniem metod fluorymetrycznych (aminopeptydazy leucyny, esterazy, fosfatazy kwaśnej i zasadowej, arylosulfatazy, β-glukozydazy)